Research Outputs
Tracking SARS-CoV-2 variants in wastewater in San Pedro de la Paz, Chile
Studies have shown the presence of SARS-CoV-2 in the stool of both symptomatic and asymptomatic COVID-19 patients, enabling wastewater-based surveillance (WBS) to complement clinical monitoring. The emergence of variants can enhance viral transmissibility, highlighting the need for ongoing surveillance to detect and control infectious diseases. This study aimed to detect SARS-CoV-2 variants in wastewater from a treatment plant in San Pedro de la Paz, Chile, between January and November 2021. Wastewater samples were concentrated using the polyethylene glycol method, and RT-qPCR assays were performed to analyze SARS-CoV-2 and its variants (Alpha, Beta, Gamma, Lambda, and Delta), with results compared to Illumina amplicon sequencing. The concentration method achieved about 11% viral recovery. The detection of viruses and variants in wastewater proved sensitive and consistent with clinical data, providing additional surveillance insights. Notably, Lambda and Delta variants were the most frequently detected during the second and third infection waves, with some variants identified in wastewater before the first confirmed clinical cases. However, Illumina sequencing lacked sufficient genome coverage, suggesting the need for better sequencing methods for this matrix. This study demonstrates that WBS is a rapid, cost-effective tool for detecting SARS-CoV-2 and its mutations, particularly useful during overwhelming clinical situations or when cost is prohibitively high.
Detección y cuantificación de SARS-CoV-2 en plantas de tratamiento de aguas residuales de diferentes ciudades de Chile: Hacia la implementación de una vigilancia centinela permanente
Introducción: La cuantificación de SARS-CoV-2 en aguas residuales es una herramienta que permite determinar la tendencia de la circulación viral en un área geográfica determinada. Objetivo: Cuantificar el virus SARS-CoV-2 en 15 plantas de tratamiento de aguas residuales en diferentes ciudades de Chile para establecer una comparación con las variables de: i) casos activos por cada 100.000 habs.; ii) positividad diaria (casos nuevos); y iii) fases del plan de confinamiento. Metodología: SARS-CoV-2 se concentró a partir de muestras de aguas residuales. Para obtener el número de genomas del virus por litro se realizó una cuantificación absoluta utilizando qRT-PCR. Resultados: Entre enero y junio de 2021 se procesaron 253 muestras, siendo todas positivas para la presencia del virus. Asimismo, se logró determinar que la tasa de casos activos por cada 100.000 habs. es la variable que mejor se ajusta a las tendencias obtenidas con la cuantificación de la carga viral en las aguas residuales. Conclusiones: La cuantificación de SARS-CoV-2 en las aguas residuales de manera permanente es una herramienta eficiente para determinar la tendencia del virus en un área geográfica determinada y, en conjunto con una vigilancia genómica, puede constituirse en una vigilancia centinela ideal generando alertas sobre futuros brotes.