En esta investigación se analiza la reflexión desarrollada por un grupo de profesores de Biología y Ciencias Naturales en formación inicial que cursan Práctica Profesional, durante la elaboración de secuencias didácticas, con enfoque en la selección de los contenidos de enseñanza. Se interpretan las narraciones contenidas en dispositivos de investigación propuestos en el contexto de formación en la práctica, como promotor para la reflexión explícita sobre el proceso de diseño didáctico en general, y sobre la selección de contenidos en particular. Tras el análisis temático, se identifican dos dimensiones articuladas entre sí: criterios para la toma de decisiones y justificaciones de esas decisiones. Así, se identificaron criterios normativos, estrictamente conceptuales que consideran a la ciencia sólo como un producto, y orientados también por propósitos propedéuticos. Las justificaciones se consideran simplistas, heredadas y con bajo nivel de reflexión, y las concepciones a la base en el diseño de secuencias didácticas son las de una enseñanza tradicional de las ciencias experimentales, y un aprendizaje basado en la cognición, lo que implica que las decisiones didácticas del profesorado se tomen sobre la base de sus concepciones acerca del qué y el para qué enseñar, que distan de las demandas de alfabetización científica actuales. Lo anterior devela posibles ejes de acción para la movilización de los saberes y toma de decisión del profesorado en contextos de formación inicial y continua.