El diseño de secuencias didácticas es un proceso clave que integra las concepciones y creencias docentes, formando parte de la identidad profesional. La investigación busca entender cómo esta identidad se relaciona con el diseño e implementación de secuencias de enseñanza en estudiantes de Pedagogía en Educación Media en Biología y Ciencias Naturales en una universidad chilena. La investigación es cualitativa e interpretativa, utilizando encuestas, narrativas gráficas y reflexiones retrospectivas para recopilar datos. Se aplicó un análisis temático con triangulación entre métodos y codificación guiada por la literatura. Los hallazgos revelan que la identidad profesional se caracteriza por una transmisividad y reproductividad del conocimiento, lo que se aleja de las metas actuales de la educación científica. Esto se refleja en las decisiones tomadas al diseñar secuencias didácticas y en la justificación de estas decisiones. Además, se identifican tres elementos que influyen en la concepción del objeto de enseñanza: el contexto de aprendizaje, la recepción de información y la forma en que se entiende el currículum. Se concluye que la identidad profesional en ciencias naturales adopta un enfoque transmisivo-receptivo, inadecuado para fomentar la alfabetización científica, ya que prioriza la transmisión de conocimientos como relación causal, limitando así la adaptación a las necesidades de los estudiantes. Es crucial promover una reflexión crítica y enfoques constructivistas que integren teoría y práctica, desarrollando habilidades críticas y ofreciendo una educación más significativa y contextualizada.