El excesivo esfuerzo pesquero ha conducido a la sobrexplotación y agotamiento de las principales pesquerías bentónicas en Chile, lo que ha incentivado el cultivo de los principales recursos bentónicos en ambientes controlados, particularmente de aquellos en los que no es posible recolectar semillas del medio ambiente. En la presente revisión bibliográfica se describe la literatura actualizada sobre el conocimiento bacteriológico relacionado con el cultivo de moluscos en sistemas controlados en Chile, tanto en aspectos asociados al desarrollo de patologías infecciosas de etiología bacteriana así como del uso de microorganismos para reducir los niveles de mortalidad de las especies en cultivo. La mayoría de los estudios bacteriológicos en cultivos de moluscos en Chile se han realizado en el ostión del norte, Argopecten purpuratus y se han referido a la identificación de patógenos aislados de mortalidades masivas ocurridas en cultivos de larvas y/o juveniles y la verificación de su actividad patogénica mediante la realización de bioensayos realizados en condiciones controladas. También existe un número importante de estudios de bacterias con capacidades inhibitorias de patógenos de moluscos y sus efectos protectores en condiciones controladas. A pesar de lo anterior, aún se requieren mayores estudios para conocer la estructura y dinámica de la microbiota asociada al cultivo de moluscos, los patógenos bacterianos y los elementos moleculares que codifican para su patogenicidad.