La diarrea aguda infecciosa continúa siendo un problema de salud pública tanto en países en vías de desarrollo como en países desarrollados, causando morbi-mortalidad y grandes gastos económicos. Las diarreas agudas son especialmente importantes en personas con edades extremas, viajeros e inmunodeprimidos. El estudio microbiológico tradicional basado en cultivos, análisis microscópico directo y pruebas de antígenos tiene un rendimiento pobre, dado por su baja sensibilidad y especificidad, lentitud y la gran diversidad de bacterias, virus y parásitos que dificultan la obtención de resultados. Las nuevas técnicas de diagnóstico molecular basadas en kits de reacción de polimerasa en cadena (PCR) múltiple permiten identificar en pocas horas y en forma simultánea una gran cantidad de agentes, tanto bacterias, virus, como parásitos, con alta sensibilidad y especificidad, lo que probablemente transformará el diagnóstico etiológico de las diarreas agudas.