La sistemática de Bangiales foliosas ha tenido cambios significativos a nivel global, debido a la inclusión de nuevos géneros, como Pyropia, y la incorporación de la evidencia molecular. En Chile, la aplicación de herramientas moleculares ha evidenciado una alta diversidad de especies de los géneros Porphyra y Pyropia, con delimitaciones de especies que no corresponden a las especies definidas con base en caracteres morfológicos. En el Perú, los registros históricos reconocen cincoespecies de Porphyra; sin embargo, su estatus taxonómico aún no ha sido contrastado profundamente con la evidencia molecular. Por ello, este trabajo tuvo como objetivo explorar la diversidad local de las especies de los géneros Porphyra y Pyropia en Marcona, Perú, caracterizando 11 especímenes con los marcadores mitocondrial COI y cloroplastidial rbcL. El análisis filogenético identificó una especie de Porphyra (Porphyra sp. CHF) y tres especies de Pyropia (Pyropia orbicularis, Py. suborbiculata y Pyropia sp. CHI). No hubo coincidencia con los registros históricos de Porphyra. Tres de las cuatro especies encontradas tienen un rango de distribución que comprende Chile y Perú. Este trabajo es un primer avance hacia una caracterización de la diversidad específica del recurso algal conocido en Perú como “cochayuyo”.