Los nemátodos del género Anisakis son parásitos zoonóticos con un ciclo de vida complejo, donde intervienen múltiples especies marinas en el desarrollo de cuatro estadios larvales. Lo anterior ha permitido el reporte de sus larvas en más de 200 especies de peces y 25 cefalópodos a nivel global. Dentro de las nueve especies descritas para el género, destacan A. simplex sensu stricto (s. s.), y A. pegreffii, por sus reportes como agentes etiológicos de una zoonosis conocida como anisakiasis. Pese el potencial patógeno de sus larvas, el conocimiento de la biodiversidad de Anisakis sp., Chile aún resulta escasa. Por tanto, esta tesis doctoral, busca identificar y caracterizar las larvas de Anisakis spp. en diferentes hospedadores a través de técnicas moleculares, para determinar su diversidad y el potencial patógeno que rigen su viabilidad, y alergenicidad asociada a humanos, mediante ensayos que replican técnicas de conservación y manipulación de alimentos. En base a lo planteado, el primer objetivo busca conocer la diversidad del género Anisakis en la costa chilena, para ello, se recolectaron larvas de Anisakis spp. en la cavidad abdominal de seis especies de importancia comercial, procedentes de diversos terminales pesqueros del país. La identificación de las larvas se obtuvo mediante la caracterización morfométrica de 4 caracteres y análisis genéticos de la región mitocondrial (COX2) y nuclear (ITS). Ambos análisis concuerdan la identificación de A. pegreffii para todos los hospedadores, y con una escasa variabilidad genética. El segundo objetivo fue conocer el impacto de diferentes temperaturas (5°C, 60°C y 70°C) y acidez (pH4) en la viabilidad y expresión genética de genes asociados la trehalosa, disacárido asociado a la protección contra estrés oxidativo, térmico y acidez. Para ello se colectaron las larvas de hospedadores Trachurus murphyi (Jurel), Merluccius gayi (Merluza) y Thyrsites atun (Sierra). Los resultados evidenciaron una mayor viabilidad en las larvas expuestas al tratamiento de refrigeración. Así mismo, se detectó altos valores expresión de la trehalosa para todos los tratamientos, siendo las larvas provenientes de sierra y jurel las que presentaron una mayor expresión, posiblemente como consecuencia de la gran cantidad de ácidos grasos totales y polinsaturados, respectivamente. El tercer objetivo, buscó evaluar la patogenidad de los nemátodos bajo cambios de temperatura y acidez anteriormente descritas, utilizando los genes que codifican alérgenos asociados con la respuesta inmune humana a la anisakiasis. Se evidenció una elevada expresión genética a bajas temperaturas (5°C) en larvas provenientes de sierra. Esta investigación proporciona información sobre la expresión alergénica de las larvas de A. pegreffii ante tratamientos que simulan las condiciones de preparación cotidiana de estos peces por la población, abriendo puertas a estudios epidemiológicos, y sumando conocimientos sobre los mecanismos moleculares involucrados en la patogenicidad de A. pegreffii, a través de la interacción hospedador parásito.