Los altos índices de obesidad y el aumento del tiempo sedentario en los escolares tienen consecuencias directas en la prevalencia de enfermedades no transmisibles en edad adulta. El entorno escolar es una oportunidad para combatir estos factores de riesgo y la importancia de la clase de educación física es relevante. El objetivo del estudio fue comparar el nivel de actividad física, gasto energético y tiempo sedentario entre una jornada con y sin clases de educación física en niños y niñas de primer ciclo básico. Es un estudio no experimental, analítico transversal con una muestra intencionada de 46 escolares de primer ciclo básico. Se midió índice de masa corporal (IMC), actividad física, gasto energético y tiempo sedentario con acelerometría en jornada escolar con y sin clase de educación física. Se utilizó la prueba no paramétrica de Wilcoxon para determinar diferencias entre las jornadas escolares (p < .05). Los resultados muestran que, durante la jornada con clases de educación física, los escolares presentaron un nivel de actividad física moderada (3.03 MET) y, en la jornada sin clases de educación física, un nivel ligero (2.32 MET). Los estudiantes en la jornada escolar con educación física tuvieron mayores niveles de actividad física moderada (Z = -4.430; p < .0001), vigorosa (Z = -5.403; p < .0001), muy vigorosa (Z = -3.940; p < .0001) y disminuyeron el tiempo sedentario (Z = -4.149; p < .0001) con respecto a la jornada sin clase de educación física. Se concluye que aun cuando durante la jornada con educación física, los escolares tienen mayor actividad física, mayor gasto energético y menor tiempo sedentario, este rendimiento resulta insuficiente de acuerdo con las recomendaciones internacionales para la salud.